從漢代中醫(yī)學(xué)術(shù)體系建立以來，中醫(yī)學(xué)一直以傳統(tǒng)的學(xué)術(shù)范式發(fā)展演進。這一傳統(tǒng)的學(xué)術(shù)范式發(fā)展到明清時，確切地說是到溫病學(xué)說出現(xiàn)時，達到了成熟和完善。歷史證明，在溫病學(xué)說以后，中醫(yī)學(xué)就少有如此重大的成果。

中醫(yī)學(xué)傳統(tǒng)學(xué)術(shù)范式在臻于完善、各方面都被發(fā)揮到極致的同時，也會出現(xiàn)革新的力量。革故鼎新也是事物發(fā)展的規(guī)律。在傳統(tǒng)與革新兩種力量的作用下，明清醫(yī)學(xué)一方面表現(xiàn)為傳統(tǒng)的延續(xù)，同時醫(yī)藥學(xué)也出現(xiàn)了革新趨勢。該趨勢主要表現(xiàn)在以下三個方面：

第一，藥物學(xué)透露出近代自然科學(xué)的傾向。有三部藥學(xué)著作可作為這方面的標志：一是明代李時珍的《本草綱目》；二是清代趙學(xué)敏的《本草綱目拾遺》；三是吳其浚的《植物名實圖考》。這三部著作中雖然大量內(nèi)容仍然屬于傳統(tǒng)的實用藥學(xué)，但是在生物分類學(xué)、生物進化論及植物學(xué)方面都提出了超出前人、異于傳統(tǒng)的具有世界科學(xué)意義的認識結(jié)論。

第二，傳染病研究出現(xiàn)了近代科學(xué)的思想。對傳染病的認識，在我國具有千百年的歷史，也總結(jié)有大量成功的治療方藥。但是在明清以前，對傳染病的認識都是在傳統(tǒng)學(xué)術(shù)范式內(nèi)展開的。明末清初的杰出醫(yī)學(xué)家吳有性，在對傳染病進行系統(tǒng)觀察的基礎(chǔ)上，從病因方面一反傳統(tǒng)的六淫之說，提出了“戾氣學(xué)說”。他認為，戾氣致病由口鼻而入，戾氣不同可導(dǎo)致不同的疾��；戾氣致病具有“人病而禽獸不病”“牛病羊不病”等特異性；戾氣是物質(zhì)性的，致病具有傳染性。盡管他的《溫疫論》一書大量內(nèi)容也屬于傳統(tǒng)醫(yī)藥的范疇，但“戾氣學(xué)說”已與后來的病原微生物理論有諸多相似之處，的確是不同凡響的創(chuàng)見。同時，清代溫病學(xué)派按照傳統(tǒng)模式建立起了新的熱病理論體系，“戾氣學(xué)說”也只能作為個案性的創(chuàng)見而游離于常規(guī)的中醫(yī)病因?qū)W體系之外。

第三，解剖生理學(xué)出現(xiàn)了新的發(fā)展方向。中醫(yī)學(xué)歷史上并不乏解剖記載，但是受客觀條件所限和中國傳統(tǒng)文化思想影響，對解剖的開展是很有限的，因此，中醫(yī)學(xué)理論并沒有完全建立在解剖學(xué)基礎(chǔ)上。清代王清任有感于古人解剖記載的錯誤，立志研究解剖生理，著成《醫(yī)林改錯》一書。在書中他大力倡言解剖，并試圖以自己的解剖發(fā)現(xiàn)說明人的生理現(xiàn)象。實事求是地說，由于時代局限及他的研究方法的限制，他的解剖生理研究有許多錯誤，整體水平也不高，還不足以建構(gòu)真正意義上的生理病理學(xué)說。但重要的不是他的研究水平，而是他的研究方向終究是大異于傳統(tǒng)學(xué)術(shù)范式的。